Fakultas Pertanian Universitas Jambi mulai berdiri pada 23 Maret 1963, seiring dengan berdirinya Universitas Negeri Jambi. Sebelum adanya institusi ini, pada tahun 1960 telah ada Akademi Perniagaan yang kemudian berkembang menjadi Fakultas Ekonomi dan Fakultas Hukum. Syarat pendirian universitas negeri pada waktu itu harus
memiliki paling sedikit 2 fakultas ilmu sosial dan 2 fakultas eksakta, maka para pendiri Universitas Negeri Jambi yang tergabung dalam Yayasan Perguruan Tinggi Djambi mengusulkan pembentukan Fakultas Pertanian dan Peternakan sebagai bagian dari Universitas Negeri Jambi. Yayasan Perguruan Tinggi Djambi adalah pelopor dan sekaligus motor dari semuanya ini. Pada awal berdirinya tanggal 20 Mei 1960, yayasan ini mulai mendirikan akademi perniagaan, kemudian pada tahun 1961 mengembangkan Fakultas Ekonomi dan Fakultas Hukum serta pada tahun 1963 memperjuangkan berdirinya Universitas Negeri Jambi yang terdiri dari Fakultas Ekonomi, Hukum, Pertanian, dan Peternakan di bawah pimpinan seorang presidium yaitu Gubernur Jambi Yusuf Singedekane. Untuk membiayai kegiatan, yayasan yang diketuai oleh Sudarsono (Walikota Jambi) ini diperkenankan untuk menerima bagian dari harga jual beberapa bahan kebutuhan pokok seperti beras dan gula yang beredar di Provinsi Jambi.

Untuk mewujudkan fakultas eksakta, Yayasan Pendidikan Jambi merekrut dua orang sarjana pertanian lulusan IPB (Institut Pertanian Bogor) yaitu Ir. A. Rivai Saad, dan Ir. Sahril Yasan Sahab, untuk menjadi tenaga pengajar, memimpin Fakultas Pertanian dan sekaligus merekrut sarjana sarjana baru IPB lainnya untuk menjadi dosen pada kedua fakultas eksakta ini. Pada tahun 1964, Rivai Saad (Dekan Fakultas Pertanian) diutus menemui rektor IPB untuk bekerjasama dalam merekrut tenaga pengajar fakultas eksakta di Universitas Negeri Jambi. Hasilnya adalah keluarnya SK pengangkatan tiga orang lulusan IPB untuk ditugaskan di Universitas Negeri Jambi, yaitu Ir. SB. Samad untuk Fakultas Pertanian, drh. Kadarman dan drh. Moh. Toha untuk Fakultas Peternakan.

Dengan hadirnya Ir. SB. Samad di Fakultas Pertanian Universitas Jambi, maka pada tahun 1964 penerimaan mahasiswa
baru . Jumlah mahasiswa pada waktu itu tidak lebih dari 50 orang, yang sebagian besar terdiri dari pegawai negeri. Tenaga pengajar tetap hanya 5 orang (termasuk dosen peternakan), selebihnya adalah tenaga pengajar bantuan dari para pejabat sarjana yang bertugas di Jambi pada waktu itu.Bangunan perkuliahan satusatunya adalah gedung kampus di Jalan Diponegoro 16 (sekarang jalan Rd. Mattaher) Pasar Jambi yang dipakai bersama dengan 3 fakultas lainnya. Kampus itu hanya terdiri dari satu bangunan bekas rumah dan satu bangunan bekas Sekolah Menengah Ekonomi Pertama (SMEP).

Pada tahun 1968, kondisi mulai pulih dan SB Samad kembali menjalankan tugasnya sebagai dekan, perkuliahan kembali dibuka dan sejumlah mahasiswa yang diskor direhabilitasi, dan penerimaan  mahasiswa baru kembali dilakukan . Bersamaan dengan itu Fakultas Pertanian juga mendapatkan tambahan dosen baru yaitu Ir.A. Djamhuri dan Ir. Permedi dan diikuti oleh Ir. Bakry Wahab pada tahun berikutnya yang kemudian ketiganya menjabat Pembantu Dekan I, II, dan III sampai tahun 1971, saat dilakukan pemilihan pimpinan fakultas kembali.

Semenjak itu Fakultas Pertanian Universitas Negeri Jambi mulai menapaki sejarah barunya dan membenahi diri semakin maju dari hari ke hari. Kurikulum perkuliahan dibentuk untuk pertama kalinya tahun 1968, yang diadopsi dari kurikulum IPB yang disesuaikan dengan kondisi Jambi. Kurikulum ini terus direvisi dan ditinjau ulang sampai pada tahun 1981 dapat disempurnakan sampai tingkat sarjana.

Pada tahun 1970 mulai dilakukan pembangunan gedung kampus Universitas Negeri Jambi di Telanaipura yang dilengkapi dengan sarana fisik berupa laboratorium dan perpustakaan, dan segera setelah itu Fakultas Pertanian dipindahkan ke kampus baru ini.

Pada tahun 1971 dilakukan pergantian jabatan Pembantu Dekan. Ir. Permedi menjabat sebagai Pembantu Dekan I. Pembantu Dekan II dijabat oleh tenaga baru Ir. Daniel Saaluddin, sedangkan jabatan Pembantu Dekan III tetap dipegang oleh Ir. Bakry Wahab. Pada tahun ini pertama kali Fakultas Pertanian ini meluluskan mahasiswanya sebagai sarjana muda.

Pada periode ini Fakultas Pertanian sudah mempunyai cukup banyak tenaga dosen karena Unja mengembangkan kerjasama dengan Unpad, Unand, dan IPB dengan sokongan dana dari Pemerintah Daerah Jambi. Selain nama-nama yang telah disebut di atas di antaranya tercatat nama-nama Ir. Teja Imas (pindah ke IPB Bogor), Prof. Dr. Ir. Murdif Baas, MS. (pindah ke Unsri), Ir.  Yunizar Gernawi, dan lain-lain. Jumlah mahasiswa juga berangsur meningkat.

Aktivitas perkuliahan juga telah mulai teratur dan terencana, sehingga pada tahun 1978 mulai dibuka Program Sarjana. Selain itu Fakultas Pertanian juga mulai menunjukkan perannya dalam pembangunan pertanian di Jambi, seperti dalam pengelolaan Siaran Pedesaan di RRI Jambi dan Pembinaan Bimas Tk. I Jambi.

Pada tahun 1977 Ir. SB. Samad dikukuhkan kembali sebagai Dekan Fakultas Pertanian, pada tahun yang sama beliau juga diangkat sebagai Pembantu Rektor II Universitas Negeri Jambi, mendampingi Kemas Moh. Saleh, SE. yang baru diangkat sebagai pejabat Rektor Universitas Negeri Jambi. Pada waktu itu sistem kepemimpinan presidium di tingkat universitas dianggap tidak sesuai lagi dan seperti universitas lainnya Universitas Negeri Jambi mulai dipimpin oleh seorang rektor.

Jabatan rangkap yang dipegang oleh SB. Samad, menyebabkan jabatan dekan Fakultas Pertanian pada tahun 1 979 diserahkan kepada Ir. Daniel Saaluddin untuk masa bakti 1979-1982. Pejabat pembantu dekan tidak berubah kecuali Pembantu Dekan II yang digantikan oleh Ir. Adonis Mawardy.

Pada masa kepemimpinan Ir. Daniel Saaluddin, Fakultas Pertanian pertama kali mulai menerapkan Sistem Kredit Semester (SKS), yaitu pada Tahun Akademik 1982/1983 berdasarkan SK. Mendikbud No. 0211/U/1982. Sistem ini berlaku secara nasional dan bersamaan dengan itu peraturan akademik dan kurikulum fakultas ditinjau kembali. Walaupun demikian, system ini baru diterapkan sepenuhnya pada tahun 1990 sejak keluarnya Peraturan Pemerintah (PP) No.30/1990.

Selain itu, kegiatan pembelajaran dan penelitian berjalan semakin baik karena sudah ditunjang dengan adanya kebun percobaan seluas 22 Ha yang terletak di Pondok Meja.

Setahun berjalan, kemajuan fakultas ini tersandung dengan permasalahan yang melilit bangsa Indonesia secara nasional, yaitu peningkatan temperatur politik menjelang G30S/PKI. Puncaknya terjadi pada tahun 1966 seiring terjadi gerakan pemurnian Pancasila oleh Orde Baru. Aksi mahasiswa dalam menumpas PKI dan keterlibatan sebagian mereka dalam gerakan itu mengakibatkan terhentinya perkuliahan sama sekali. Sebagian dosen dan mahasiswa ada yang melarikan diri karena disangka terlibat organisasi politik tertentu. Sejumlah lain ada juga yang ditahan karena dianggap antek atau pro PKI. Fakultas Pertanian kehilangan seluruh mahasiswanya dan perkuliahan ditutup.

Bersamaan dengan itu juga Fakultas Pertanian Universitas Negeri Jambi kehilangan 2 orang staf intinya yaitu Rivai Saad dan Syahril Yasan Sahab yang diskor karena ketidaksepahaman dengan presidium. Akhirnya aktivitas perkuliahan terhenti total.

Pada tahun 1982, Ir. Daniel Saaluddin kembali dipercaya menjadi Dekan Fakultas Pertanian untuk masa bakti 1982-1985. Pejabat Pembantu Dekan terdiri dari Ir. Bakry Wahab, Dra. Nezriyetti, dan Ir. Rosyid, masing-masing sebagai Pembantu Dekan I, Pembantu Dekan II, dan Pembantu Dekan III.

Pada tahun ini juga Universitas Negeri Jambi dikukuhkan kembali dengan Surat Keputusan Presiden No. 41/1982, dengan pergantian nama menjadi Universitas Jambi, dan terdiri dari 5 fakultas dengan penambahan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, selain 4 fakultas yang telah ada yaitu Fakultas Ekonomi, Hukum, Pertanian dan Peternakan. Fakultas Pertanian Unja mulai meluluskan mahasiswa tingkat sarjana dengan gelar insinyur (Ir.)

Sebagai bagian dari Universitas Jambi, Fakultas Pertanian merupakan fakultas unggulan dan menjadi pilihan utama minat eksakta di Provinsi Jambi, sehingga seleksi mahasiswa semakin ketat, karena itu pula kemudian dikembangkan jurusan dan program studi.  Pada tahun 1983 keluar SK. Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 1540/O/1 983 yang menetapkan bahwa Fakultas Pertanian terdiri dari 2 Jurusan dan 4 Program Studi, masing-masing adalah Jurusan Budidaya Pertanian, yang terdiri dari Program Studi Agronomi dan Program Studi Ilmu Tanah dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian yang terdiri dari Program Studi Pembangunan Pertanian dan Program Studi Penyuluhan Pertanian.

Selanjutnya pada periode 1985-1988, Fakultas Pertanian Universitas Jambi dipimpin oleh Ir. Permedy. Sementara Pembantu Dekan I, II, dan III dijabat oleh Ir. Adonis Mawardy, Dra. Nezriyetti, dan Dra. Helmy Yasril. Pada periode ini Fakultas Pertanian baru mulai mempunyai beberapa orang staf berkualifikasi S2, akan tetapi lebih dari 20 orang staf pengajar dikirim mengikuti program pasca sarjana baik di dalam maupun di luar negeri. Jumlah mahasiswa terdaftar setiap tahunnya sudah lebih dari 500 orang. Fakultas Pertanian rata-rata setiap tahunnya merekrut 120 – 150 orang mahasiswa baru dan meluluskan 80 – 120 orang sarjana.

Untuk mendukung kegiatan perkuliahan pada waktu itu Fakultas Pertanian ditunjang dengan fasilitas pendukung di antaranya; Laboratorium Agronomi, Laboratorium Tanah, satu unit rumah kaca, dan kebun percobaan seluas 22 ha, serta Laboratorium Kimia dan Fisika yang dipakai bersama Fakultas  Peternakan dan Fakultas Keguruan.Keterbatasan jumlah fasilitas ini mengakibatkan jadual praktikum mahasiswa dilaksanakan dari pukul 7 pagi sampai jam 6 sore.

Adapun kepemimpinan fakultas ini pada periode berikutnya adalah sebagai berikut :

  • Periode 1988-1992, dipimpin oleh Ir. Bakry Wahab yang didampingi oleh Ir. Hadiyono, Ir. A. Wahab Thalib, dan Ir. Zulkifli Alamsyah, M.Sc
  • Periode 1992 – 1996, dipimpin oleh Ir. Adonis Mawardy. Pendampingnya adalah Ir. Hadiyono, Ir. Wahab Thalib, dan Ir. Arnoldy Arby. Pada tahun 1994 nama program studi Pembangunan Pertanian diganti menjadi Agribisnis, dan Program Studi Penyuluhan Pertanian diubah menjadi Komunikasi dan Penyuluhan Pertanian, berdasarkan SK. Dirjen Dikti Nomor 0311/U/1994
  • Periode 1996 – 2000, dipimpin oleh Ir. Rosyid, M.Sc. dan dibantu oleh Ir. A. Rahman, Ir. YG. Armando, dan Ir. Nasril. Pada tahun 1998, Fakultas Pertanian pindah dan menempati gedung baru di Kampus Mendalo. Setahun kemudian keluar SK. Dirjen Dikti Nomor 28/Dikti/Kep/1998 tentang penambahan Program Studi Hama dan Penyakit Tumbuhan dan kemudian diikuti dengan SK Nomor 379/Dikti/Kep/1999 tentang

Program Studi Teknologi Hasil Pertanian. Keluarnya izin 2 program studi ini adalah atas usulan dari fakultas. Selain kedua program studi tersebut juga diusulkan pembentukan jurusan kehutanan. Pada periode ini, dua program studi, yaitu Program Studi Agronomi dan Ilmu Tanah, disetujui oleh Direktorat Pendidikan Tinggi untuk menerima bantuan Proyek DUE (Development of Undergraduate Education) Bath II, untuk jangka waktu 3 tahun.

  • Periode 2000 – 2004, dipimpin oleh Ir. Hadiyono, MS., yang dibantu oleh Dr. Ir. Ali Muzar MS. (WD I), Ir. Budiyati Ichwan, MP. (WD II), dan Ir. Sarman S, MP. (WD III). Pada masa ini mulai dibuka Program Diploma IIIAgribisnis.
  • Periode 2008 – 2012, jabatan Dekan masih dipercayakan kepada Prof. Dr. Ir. Zulkifli, M.Sc., yang didampingi oleh Prof. Dr. Ir. H. Zulkarnain, M.Hort.Sc., Drs. H. Asrizal Paiman, M.Si., dan Ir. YuliaMorsa Said, MT., Surv. sebagai Pembantu Dekan I, II, dan III. Pada periode ini (Tahun 2008) dibuka Program Studi Magister Agribisnis, berdasarkan Pada periode ini juga (Tahun 2009) dilakukan penggabungan Program Studi Agronomi, Ilmu Tanah, dan Hama Penyakit Tumbuhan menjadi Program Studi Agroekoteknologi, sementara Program Studi Agribisnis dan Program Studi Penyuluhan dan Komunikasi Pertanian digabung  menjadi Prog ram Stu d I Agribisnis.  Penggabungan program
    studi ini berdasarkan SK. Dirjen Dikti No. 163/Dikti/Kep/2007 tanggal 27 September 2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi. Pada tahun 2009 juga dibuka Program Studi Kehutanan berdasarkan SK. Dirjen Dikti No. 154/D/T/2009 tanggal 6 Februari 2009.
  • Periode 2012 – 2016, dipimpin oleh Dr. Ir. H. Saad Murdy MS, yang didampingi oleh Dr. Ir. M. Syarif, MS, Ir. Armen Mara. MP dan Ir. Ardyaningsih Pujilestari MP sebagai Pembantu Dekan I, II, dan III.

Periode 2016 – sekarang, dipimpin oleh Dr. Ir. Ahmad Riduan. M.Si, yang didampingi oleh Dr. Ir. Wilyus, M.Si, Ir. Buhaira, M.P., Ir. Ardyaningsih Pujilestari M.P., sebagai Pembantu Dekan I, II, dan III.